造成上述問題的原因主要是，行政管理體制改革尚未完全到位，行政職能界定不清，對部門行使權力的監督不到位；部門所屬單位的管理體制和運行機制沒有完全理順，許多所屬單位離開部門的資金、政策支持和權力影響很難生存，有的部門還通過所屬單位謀取自身利益；政府機構改革過程中，所屬單位成為消化部門分流人員的重要途徑。
對上述問題，國務院已責成有關部門研究提出解決措施。
六、財政專項審計和審計調查情況
(一)社會保險基金審計情況。
根據國務院的部署，審計署組織對29個省本級和省會城市、5個計劃單列市的企業職工基本養老保險基金、城鎮職工基本醫療保險基金和失業保險基金進行了審計，并延伸了部分城市。這些省市本級2005年三項基金收入3128.46億元、支出2203.14億元，分別占全國三項基金當年收支總額的50.7%和46.5%；至年底累計結余2918億元。從審計情況看，地方各級黨委、政府高度重視社會保障工作，能夠認真執行國務院關于保險基金征繳、支付和管理的有關規定，在規范籌資機制、保證基金按時足額發放、加強管理和監督等方面做了大量工作，社會保險基金管理的總體情況較好，但還存在一些問題。
審計發現1999年及以前發生的違法違規問題23.47億元，大多是涉及保險基金安全和完整的問題。由于當時三項保險基金財務會計制度尚不健全，一些地方為保值增值，出借和投資了一部分基金；有些社保機構動用部分基金購建了辦公樓或其他房產。這些問題雖經有關部門查處，但部分基金至今不能收回。
審計發現2000年以來發生的違法違規問題47.88億元，主要是：用于彌補“補充醫保基金”及借給企業等16.69億元；用于委托金融機構貸款、對外投資等5.44億元；用于購建辦公用房及彌補行政經費等3200萬元；未按規定實行專戶管理23.37億元。
有關地方政府針對審計查出的問題制定了整改措施，已償還被擠占挪用的基金15億元。審計署已向社會公告該項審計結果。
(二)天然林資源保護工程資金審計情況。
國務院確定從2000至2010年在17個省(區、市)實施天然林資源保護工程，規劃投資962億元。這次審計的8省(區)2004至2006年天保工程計劃投資159.7億元，截至2006年6月實際到位資金143.4億元。審計資金總額49.3億元，占8省(區)實際到位資金的34.4%。從審計情況看，8省(區)天保工程建設總體進展順利，公益林建設任務和森林資源管護責任基本落實，森林采伐量得到有效控制，森工企業富余職工安置任務總體完成。審計共查出虛報冒領、挪用滯留等違規問題1.3億元，占審計資金總額的 2.7%。
國家林業局和有關地方政府對天保工程資金審計發現的問題十分重視。國家林業局提出開展天保工程實施情況大檢查、進一步完善規章制度、加大對各地整改工作的督辦力度等7項措施，各地已糾正違法違規問題5093萬元。審計署已向社會公告該項審計結果。
(三)三峽水利樞紐工程和三峽庫區移民資金審計情況。
截至2005年底，三峽水利樞紐工程累計籌集資金1220.31億元，實際完成投資642億元(不含移民工程)。這次審計的重點是資金管理、工程建設和綜合效益等情況。從審計情況看，國家有關部門、三峽總公司和各參建單位認真貫徹落實黨中央、國務院的決策和部署，克服工程建設周期長、任務重、技術復雜等困難，加強工程建設管理，不斷探索創新，保證了工程建設順利進行。資金管理使用總體較好，未發現挪用和嚴重侵占建設資金的問題，三峽基金做到了專款專用。
這次審計發現的問題主要是：一些中小合同項目沒有嚴格執行招投標制度，部分單項工程監理工作比較薄弱，未嚴格落實工程質量事故責任追究制度。抽查48個金額1000萬元左右的中小合同發現，有21個未招標，涉及金額3.13億元，占應招標金額的51%；抽查合同金額為53.01億元的部分工程發現，施工單位違規轉分包8.65億元，收取管理費5345萬元；抽查6家監理單位的1448名監理人員發現，有740人沒有監理資質。此外，還查出結算管理和合同管理不夠嚴格增加建設成本4.88億元等問題。
對這些問題，三峽總公司和有關參建單位正在積極整改，已完善了三峽工程招投標、合同、采購、監理、質量、結算等管理制度，并糾正違法違規問題1.39億元。
三峽庫區移民搬遷安置工作規劃2009年完成。截至2005年底，國家已累計投入三峽移民資金510億元，完成搬遷移民111.32萬人，占規劃任務的98.5%。審計重點檢查了湖北省、重慶市本級及其所屬10個區(縣)移民資金管理使用、移民安置和后期扶持等情況。從審計情況看，移民搬遷安置資金能夠及時下撥，補償款能夠按照國家規定的標準發放給移民戶和個人，資金管理使用情況總體較好。這次審計發現的問題是：一些部門單位違規使用、虛報多得移民補償和政策性補助資金2.89億元，主要用于非移民項目建設、行政經費開支、平衡預算等；移民培訓費支出結構不合理，移民技能培訓支出占比較低；部分移民后期扶持項目實施緩慢。這次審計還移送涉嫌違法犯罪案件線索5起。
針對移民資金審計發現的問題，三峽辦成立了整改工作檢查指導組，大部分問題已糾正。審計署已向社會公告該項審計結果。
(四)收費公路審計調查情況。
這次審計調查的北京、河北等18省(市)收費公路總里程8.68萬公里，占這些省(市)收費公路總里程的65%，占全國的45%。從審計調查情況看，“貸款修路、收費還貸”政策的實施，對加快公路建設，促進經濟社會全面發展發揮了重要作用。審計調查發現，收費公路的建設、運營和管理存在一些問題。
一是一些地方過度依賴貸款建設收費公路，債務負擔偏重。“十五”期間，除北京和上海外，16省(市)新增的二級以上公路，有67%為收費公路，截至2005年底，云南、四川、黑龍江、重慶4省(市)的收費公路占二級以上公路的比例均超過了80%。這些收費公路的投資中，銀行貸款等債務性資金占較高比例，如浙江、河南等10省(市)“十五”期間的收費公路投資共6400多億元，其中有4700多億元為貸款等債務性資金，占73%。大量貸款使收費公路債務負擔偏重。截至2005年底，18省(市)收費公路銀行貸款余額高達8000多億元。
二是部分公路違規收費，增加社會負擔。審計調查發現，16省(市)在100條(段)公路上違規設置收費站158個，截至2005年底違規收取通行費149億元；7省(市)提高收費標準，多征收通行費82億多元；12省(市)的35條經營性公路，由于批準收費期限過長，獲取的通行費收入高出投資成本數倍乃至10倍以上，成為“高價公路”，按地方政府核定的收費期限和2005年的收費水平測算，將增加一定的社會負擔。
三是部分收費公路經營權轉讓不規范，造成國有資產重大損失。審計抽查10省(市)106個公路經營權轉讓項目發現，地方政府越權和違規審批的項目有64個，占60%；部分轉讓資金來源不合規，18個轉讓項目獲取的243億元資金中，有170億元是受讓方用被轉讓公路作質押獲取的銀行貸款支付的，占70%；一些項目招投標流于形式，不經評估或壓低轉讓價格，造成國有資產損失。如安徽省于2003年以邀請招標的方式，違規壓低評估價格，將合肥—巢湖—蕪湖高速公路的經營權轉讓給上海一民營企業，2005年底又高價回購，一出一進，損失資金12.4億元。這次審計調查共發現涉嫌違法犯罪案件線索13起，已移送有關部門查處。
對審計調查發現的問題，有關地方正在積極整改。
七、其他財政收支審計情況
(一)3家股份制銀行資產負債損益審計情況。
對中國銀行股份有限公司、交通銀行股份有限公司和招商銀行股份有限公司總行及部分分支機構2005年資產負債損益情況的審計結果表明，3家銀行通過股份制改革，公司治理結構不斷完善，經營管理水平進一步提高，較好地實現了資產規模、質量、效益的協調發展。這次審計共查出各類違法違規問題155.61億元，主要有：
一是房地產信貸業務存在較多問題。審計發現這方面的違法違規問題51億元。一些銀行分支機構未嚴格執行國家房地產信貸政策，審核把關不嚴，有的違規向不符合貸款條件的房地產企業發放貸款，有的違規向土地儲備機構發放土地儲備貸款，有的發放虛假個人按揭貸款，或擅自放寬貸款條件，違規提供“優惠”按揭貸款。一些房地產商采取虛假按揭、虛增注冊資本或虛抬房價等手段套取貸款，有的甚至利用貸款資金囤積土地。還有一些單位通過委托貸款業務，將信貸資金或其他不能用于借貸的資金違規投入房地產市場，如上海市國有資產經營有限公司將從招商銀行上海靜安寺支行取得的年利率為5.022%的流動資金貸款2.9億元，以委托貸款的方式，按8%的年利率轉貸給了房地產開發公司。
二是結算業務違規問題比較普遍。審計發現這方面的違規問題21.5億元。一些銀行分支機構為爭奪客戶和存款，未嚴格按規定辦理開立賬戶、大額提現和匯款轉賬等業務，給一些單位和個人虛假驗資、違規套現和賬外存放資金等提供了便利。有的銀行分支機構在辦理結匯業務中把關不嚴，使得一些企業和個人得以通過頻繁小額結匯等手段逃避外匯監管。
三是金融領域的違法犯罪問題仍時有發生。這次審計發現各類涉嫌違法犯罪案件線索37起，涉案金額102.49億元，涉案責任人55名。
此外，審計還查出會計核算不實問題9億元，私設“小金庫”3.29億元。
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